Στη συνείδηση των περισσοτέρων, ο Γιάννης Μαρκόπουλος ήταν μαζί με τους Χατζιδάκι, Θεοδωράκη, ο τρίτος τψν μεγάλων συνθετών της Ελλάδας.

Από μικρή ηλικία ασχολήθηκε με τη μουσική επηρεασμένος από τα ακούσματα της κρητικής μουσικής, της μεσογείου και της Ανατολής.

Το 1963 βραβεύτηκε για τη μουσική του στις «Μικρές Αφροδίτης» του Νίκου Κούνδουρου. Η δημιουργική πορεία του δεν διακόπηκε από την επιβολή της δικτατορίας αφού συνέχισε την ενασχόληση του με τη μουσική και τις αναζητήσεις του στο Λονδίνο. Τα χρόνια που παρέμεινε στην Αγγλία αποδείχτηκαν ιδιαίτερα δημιουργικά με σημαντικές συνεργασίας και αναγνώριση. Παρόλα αυτά το 1969 επέλεξε να επιστρέψει στην Ελλάδα για να συμβάλει με το έργο του στην πτώση της δικτατορίας.

Σε αυτά τα ιδιαίτερα παραγωγικά χρόνια της ώριμης δημιουργίας του είχε την τύχη να του εμπιστευτούν υπέροχους στίχους τους κάποιοι από τους σπουδαιότερους έλληνες ποιητές και στιχουργοί και ο ίδιος να τους ντύσει με τη μουσική του φέρνοντας τους στο στόμα κάθε Έλληνα. Οι συνθέσεις του χαρακτηρίζονται από νέα προσέγγιση και τη χρήση συμφωνικών και παραδοσιακών οργάνων.

Το 1969 κυκλοφόρησε το δίσκο «Ήλιος ο Πρώτος» στον οποίο έχει μελοποιήσει τα ποιήματα του Οδυσσέα  Ελύτη. Τέσσερα χρόνια αργότερα κυκλοφόρησε ο δίσκος ««Ο Στράτης Θαλασσινός Ανάμεσα στους Αγάπανθους» και Άλλα Τραγούδια» με μελοποιημένα έργα του Γιώργου Σεφέρη. Τη δεκαετία του 60 ξεκίνησε να δουλεύει πάνω στο έργο Ελεύθεροι Πολιορκημένοι του Διονύσιου Σολωμού στο οποίο επανερχόταν για αρκετό καιρό κάτω από τις συνθήκες που είχαν διαμορφωθεί από την επιβολή της δικτατορίας. Ο Μαρκόπουλος στηρίχθηκε για τη σύνθεση σε όλα τα σχεδιάσματα του ποιήματος και τα πεζά, τους στίχους και τα αφηγηματικά μέρη. Το έργο παρουσιάστηκε ολοκληρωμένο για πρώτη φορά στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο του 1975 μετά από πρόσκληση του καθηγητή Λίνου Πολίτη. Το 1976 κυκλοφόρησε ο δίσκος «Οροπέδιο» στον οποίο έχει μελοποιήσει την ομώνυμη ποιητική συλλογή του Μιχάλη Κατσαρού που είχε πρωτοκυκλοφορήσει το 1956. Ο δίσκος του «Ερωτόκριτος και Αρετή» (1996) βασισμένο σε επιλογή στίχων από το ερωτικό έπος του Βιτσέντζου Κορνάρου Eρωτόκριτος της Κρητικής Αναγέννησης, που ηχογραφήθηκε από τα συμφωνικά σύνολα της Ραδιοφωνίας των Βρυξελλών.

Στις συνεργασίες του συμπεριλαμβάνονται επίσης στιχουργοί όπως ο Μάνος Ελευθερίου, Πάνος Θεοδωρίδης, Γιώργος Σκούρτης, Κώστας Βίρβος, Κ.Χ. Μύρης, Μάνος Ελευθερίου ενώ και ο ίδιος έγραφε στίχους.

Στα έργα του Μαρκόπουλου συνυπάρχουν η υψηλή ποιότητα στη μοσική, τους στίχους αλλά και την ερμηνεία. Στους δίσκους του  συνεργάστηκε με τραγουδιστές που έχουν γράψει τη δική τους ιστορία στην ελληνική μουσική: Νίκος Ξυλούρης, Λάκης Χαλκιάς, Παύλος Σιδηρόπουλος, Χαράλαμπος Γαργανουράκης, Λιζέτα Νικολάου, Βίκυ Μοσχολιού, Γιώργος Νταλάρας….

Στη διάρκεια της δικτατορίας η λογοκρισία εμπόδιζε την ελεύθερη δημιουργία, Ωστόσο, ο Μαρκόπουλος κυκλοφόρησε το 1969 το φαινομενικά σατιρικό τραγούδι Ζαβαρακτρανέμια ενώ το 1973, λίγο πριν τα γεγονότα του Πολυτεχνείου, ηχογράφησε το δίσκο Θητεία στον οποίο συμπεριλαμβάνονται «Τα λόγια και τα χρόνια», ένα κομμάτι με σχεδόν «προφητικούς» στίχους. Εμβληματικό βέβαια ήταν και το ριζίτικο κρητικό τραγούδι «Πότε θα κάνει ξαστεριά» που κυκλοφόρησε το 1971 (Ριζίτικα) και χαρακτήρισε τον αγώνα των φοιτητών.

Ο Μαρκόπουλος συγκαταλέγεται ανάμεσα σε εκείνους τους έλληνες συνθέτες που ξεπέρασαν τα σύνορά της χώρας μας, γνωρίζοντας την αναγνώριση και στο εξωτερικό.